Para iniciar Knoppix indica en la BIOS de tu ordenador que arranque desde el CD (si es que no tiene esta opción activada por defecto), pon el CD en la unidad y enciende el ordenador.
A) Si la BIOS no soporta la opción de arranque desde CD y el Knoppix es una versión 3.3. o inferior, se tendrá que utilizar un disquete de arranque. Puede crearse el disquete en otro ordenador que sí sea capaz de arrancar Knoppix a partir de una imagen que hay en el CD de Knoppix en el fichero KNOPPIX/boot.img de la siguiente forma: en una consola de root ( --> ) escribimos:
# dd if=/cdrom/KNOPPIX/boot.img of=/dev/fd0
Si no tenemos acceso a un ordenador capaz de ejecutar Knoppix para generar el disquete desde Linux, podemos hacerlo desde msdos de la siguiente forma:
C:\> d:
D:\>cd KNOPPIX
D:\KNOPPIX> mkfloppy
B) Si la BIOS no soporta la opción de arranque desde CD y el Knoppix es una versión 3.4. o superior se pueden generar los disquetes de arranque desde un ordenador que sí pueda arrancar Knoppix. Una vez arrancado Knoppix, acceder al Menú --> --> . Tan solo hay que seguir las indicaciones en pantalla. También pueden descargarse los disquetes de arranque desde www.victoralonso.com
En realidad, al arrancar desde disquete, lo que se hace es buscar en todas las particiones o CDs un directorio llamado KNOPPIX en el directorio raíz de cada una de ellas, por lo tanto, podríamos tener una partición Windows con un directorio raíz llamado KNOPPIX donde podríamos copiar el contenido del directorio KNOPPIX del CD y, de esa forma, mediante el disquete, y sin necesidad de usar el CD, podríamos arrancar Knoppix sin tenerlo instalado realmente en el disco duro (con una sola partición Windows).
Al terminar el arranque desde el CD, tendremos ya un sistema Linux completamente operativo. Sin embargo es posible que tengamos que realizar alguna configuración que depende del hardware que tenemos instalado. Sin embargo esta configuración es bastante sencilla pues existen unos scripts que facilitarán la tarea. Estos scripts pueden ejecutarse desde el menú --> .

También se puede acceder a ellos a partir del icono con el pingüino que se encuentra a la derecha del icono del menú :

o este otro, según versión:
